Засновником Установи є Держава в особі Кабінету Міністрів України. Відповідно до постанови Кабінету Міністрів України від 18 грудня 2019 р. № 1054 «Деякі питання Державної іпотечної установи» Установу віднесено до сфери управління Міністерства фінансів України.

Майно Установи є державною власністю і закріплюється за нею на праві господарського відання. Установа в порядку, встановленому законодавством та цим Статутом, володіє, користується і розпоряджається належним їй майном, вчиняючи стосовно нього будь-які дії, що не суперечать законодавству, меті та предмету її діяльності, з урахуванням обмежень правоможності розпорядження окремими видами майна, визначених законодавством.